万佛山地处北亚热带常绿林与暖温带落叶林过渡地带，植物种类繁多，维管束植物147科，658属1368种，物种资源丰富，并有多种珍稀植物分布。茫茫林海，气象万千，一年四季五彩斑斓，风景如画，春天鲜花烂漫，五彩缤纷；盛夏苍翠深秀，清幽凉爽；金秋霜染层林，红叶满坡；严冬银装索裹，苍松傲雪。

园内相对高差达1100m，植物垂直分布带谱十分明显。老佛顶上分布有成片的珍珠黄杨、黄山杜鹃等，构成独特风景；扁担撬一带天然阔叶次生林，植被茂密，季相丰富；园内分布有国家二级保护树种香果树，清凉涧自然分布国家一级保护树种银缕梅。园内奇松甚多，均生长在海拔千米以上的峰之巅，壑之旁、绝壁峭石间，品味很高，极富个性，可与黄山奇松相媲美。典型的有长臂轻舒、热情好客的“二仙迎客”；游龙凌空、虬劲坚毅的“蟠龙松”；盘曲有致、蓄势待发的“卧龙松”，峨冠溢彩、威严气派的“华盖松”、仪仗松”等顶天立地、铁骨铮铮，极具观赏及科研价值。

万佛山既是天然植物园，又是野生动物园，优雅恬静的森林环境为野生动物提供了理想的生存栖息地。经调查，万佛山野生动物以林栖种类为主，共有200余种，其中鸟类100余种，兽类47种，爬行类32种，两栖类10余种。国家一级保护动物有金钱豹，国家二级保护动物有大鲵、穿山甲、猫头鹰等。